ārzemēs. J.Endzelīns šai laikā aktīvi piedāvāja LU viņam pazīstamu profesoru kandidatūras, raksturojot to stiprās puses, kā arī piedalījās citu nozaru specialitāšu docētāju vērtēšanā.
Savas fakultātes vārdā J.Endzelīns pirms pirmajiem augstskolas gadasvētkiem ieteica ievēlēt Krišjāni Baronu un Raini par augstskolas goda biedriem, kas arī pēc garākām diskusijām tika izdarīts 1920.gada 22.septembrī.
Kopā ar P.Dāli J.Endzelīns aktīvi iestājās par periodiska zinātnisku rakstu krājuma (kā tolaik rakstīja – anāļu) izdošanu un vispār LU izdevējdarbības attīstīšanu.
1920.gada 22.decembrī viņu arī ievēlēja par “Latvijas Universitātes Rakstu” redaktoru, viņa vadībā tika sagatavots to I sējums, kas nāca klajā 1921.gada aprīlī. Tiesa, Universitātes rakstu I sējums izpelnījās nemotivētu kritiku par pārāk raibo saturu un vācu valodas lietojumu, sākotnēji pat noliedzot to izsūtīt citām augstskolām. Rezultātā J.Endzelīns atteicās no šī izdevuma rediģēšanas (par tā redaktoru uz īsu laiku kļuva P.Šmits, bet tad līdz 1929.gadam – tautsaimnieks Kārlis Balodis) un, šķiet, principiālu apsvērumu dēļ tajā nekad nepublicējās.
Papildu sarežģījumus J.Endzelīnam viņa administratīvajā darbā radīja būtiskas nesaskaņas ar pagaidu rektoru E.Felsbergu (tam pamatā bija abu kādreizējais konflikts Tērbatā) un konceptuālas domstarpības par augstskolas organizatorisko modeli (viņš iestājās par visu profesoru līdzdalību Universitātes padomē un tehnisko fakultāšu nošķiršanu no Universitātes).
Diemžēl nav saglabājušies Filoloģijas un filozofijas fakultātes sēžu protokoli par laiku līdz 1922.gada aprīlim, tāpēc nav iespējams tik precīzi spriest par iekšējām norisēm fakultātē. Katrā ziņā J.Endzelīns palika par dekānu vēl uz 1922./1923.mācību gadu, tikai savu fakultātes kolēģu pierunāts, sākotnējo atteikšanos motivējot ar lielo noslodzi (solījumu pabeigt K.Mīlenbaha manuskriptu) un konfliktiem ar rektoru. Strādājot šai amatā, viņam nācās nodibināt sakarus ar citām universitātēm, uzņemt ievērojamus vieslektorus (A.Meijē, J.Mikolu, J.Zubatiju u.c.), kā arī risināt ar somu cilmes ģermāņu filoloģijas profesoru Kārli Tianderu saistīto diplomātisko konfliktu (viņš ārvalstu laikrakstos visai agresīvi kritizēja Latvijas agrārreformu). J.Endzelīna laikā tika izstrādāti arī nolikumi par galapārbaudījumiem un par doktora disertācijas iesniegšanas un aizstāvēšanas kārtību, priekšroku dodot kādreizējai Krievijas universitāšu kārtībai (ar augstām prasībām grāda pretendentam) pretstatā mazākām prasībām, kādas bija, piemēram, Vācijā.
Jānis Endzelīns pēc samērā intensīviem organizatoriska darba gadiem LU tapšanas posmā nekad vairs tajā neieņēma administratīvus amatus, visu laiku veltot pētniecībai, tomēr šīs viņa darbības analīze sniedz bagātīgu faktu materiālu viņa personības izpratnei. Turklāt jāatminas, ka LU tapšanas laikā arī daudzi citi prominenti zinātnieki (piemēram, fiziologs R.Krimbergs) uz laiku uzņēmās dekāna amatu, uzlūkodami to par savu pienākumu pret nacionālo augstskolu.