Eiropas Parlaments 13.aprīlī nobalsoja par S.M.Hassi ziņojumu, otrajā lasījumā izskatot direktīvas projektu, kas paredz noteikt stingrākus ierobežojumus sēra saturam flotes degvielā visā Eiropā. Koplēmuma procedūrai ar šo balsojumu vajadzētu beigties, jo neformālās sarunās, kas notika kopš ziņojuma projekta pieņemšanas Vides komitejā marta vidū, deputāti atraduši kompromisu ar Padomi.
Komitejas līmenī pieņemtajā ziņojumā Parlaments atkārtoja iepriekšējā sasaukuma laikā izteiktās (2003.g.) pirmā lasījuma prasības, kas atšķīrās no Padomes kopējas nostājas, tai paredzot pieļāvīgākās normas sēra satura ierobežojumiem un ieviešanas termiņiem.
Likumprojekta mērķis ir samazināt sēra dioksīda emisiju, lai samazinātu kuģu degvielas radīto piesārņojumu. Direktīva noteiks 1,5% kā maksimālo daudzumu sēra dioksīdam degvielā līdz 2007.gadam (2 gadus pēc stāšanās spēkā). Tas attieksies uz visu floti, kas kuģo Baltijas jūrā, Ziemeļu jūrā un Lamanšā, kā arī visiem tiem pasažieru kuģiem, kas ir ceļā no ES ostām vai uz tām. Atsevišķās zonās maksimālais pieļaujamais sēra īpatsvars degvielā būs 0,5%.
Pirmajā lasījumā Parlaments attiecībā uz ieviešanas termiņiem prasīja stingrākus noteikumus, nekā paredzēts Komisijas likumprojektā, un papildināja direktīvu ar ieviešanas otro posmu. Vides komiteja savā 15.marta sēdē prasīja ieviest vēl zemākus maksimālos līmeņus sēra saturam flotes degvielā — līdz 2010.gada janvārim tā daudzums nedrīkstēs pārsniegt 0,5% visiem kuģiem, kas kuģo Baltijas un Ziemeļu jūrās un Lamanšā, un pasažieru kuģiem pārējos ES ūdeņos. Komiteja vēlējās, lai kopš 2014.gada 0,5% ierobežojums attiektos uz pilnīgi visiem kuģiem arī pārējos ES ūdeņos.
Latvijas deputāts Aldis Kušķis Eiropas Tautas partijas un Eiropas Demokrātu grupas vārdā izteicās pret šo prasību, atgādinot par risku, ka izpildei var nebūt pieejama atbilstoša degviela, pieaugs jūras transporta izmaksas salīdzinājumā ar citiem transporta veidiem, kas nozares pārstāvjus Eiropā pakļaus sīvai konkurencei.
Darbā pie šīs direktīvas Parlaments sekoja iepriekšējā sasaukuma deputātiem — viņu pilnvaru laikā ES nolēma samazināt sēra dioksīda saturu autotransporta degvielā. Rezultātā no 1999.gada līdz 2000.gadam sēra dioksīda emisijas daudzums uz sauszemes 15 ES dalībvalstīs samazinājās aptuveni par 60%, un līdz 2010.gadam sagaidāms samazinājums par 75 – 80%. Turpretim piesārņojums, ko rada jūras transports, pēdējos desmit gados ES ūdeņos ir pieaudzis par 30%. Sēra saturs dažos jūras transporta veidos degvielas var sasniegt 300 reizes augstāku sēra īpatsvaru nekā kravas auto.